Много лет назад с планет, которые засасывало в черную дыру, на Землю были отправлены два младенца.
Первый, попав в уютный дом и прекрасную семью, вырос в супергероя - любимца людей Мачомена.
Второй, оказавшись в тюрьме для криминальных талантов, воспитывался заключенными и превратился в гениального суперзлодея Мегамозга.
Спустя много лет, на празднике в честь героя города Метро-Сити - Мачомена, сбежавший из тюрьмы Мегамозг уничтожает ненавистного антагониста.
Цель жизни достигнута: Мегамозг - властелин Метро-Сити! Однако победителю становится невыносимо скучно, и он решает искусственно создать себе нового врага, использовав ДНК Мачомена.